El cómo definir y enfrentar el paramilitarismo como fenómeno, fue uno de los temas más álgidos de debate entre el Gobierno de Santos y las FARC, sin embargo, no fue el único, temas como:

• El reconocimiento de la continuidad del fenómeno del paramilitarismo

• La eficiencia y eficacia de las políticas de estado para combatirlo en el pasado, presente y futuro

• Las garantías de su no repetición después de firmados los acuerdos de paz

• El compromiso del estado extinguir las causas estructurales de este método criminal en la sociedad colombiana

Fueron temas controversiales, sin embargo después de seis mese  de refrendado el acuerdo de paz, el presidente Juan Manuel Santos expidió los decretos-ley (898 y 895 de 2017 que da creación a la Unidad Especial de Investigación para desmantelamiento de las organizaciones y conductas criminales) para dar cumplimiento a lo pactado en el punto 3.4 en materia de garantías de seguridad la cual reside en la consideración que el estado fue y es un actor responsable con la creación y desarrollo del fenómeno paramilitar, y que las medidas e instituciones  jurídicas y penales para combatirlo fracasaron en sus planes. Mencionado lo anterior en esa particular labor se encuentra la fiscalía, quien ha sido duramente cuestionada y criticada por las organizaciones de derechos humanos, por la falta de compromiso y de resultados yaparte de encontrarse diferentes intereses  en este cuerpo.

Por otra parte debe ser sometida a examen el conjunto de la normatividad expedida por el presidente.